Nelle malattie croniche l’obiettivo della terapia non è necessariamente la guarigione completa quanto l’arresto della progressione di malattia, la remissione dei sintomi e il miglioramento della qualità di vita.
La terapia convenzionale si avvale di farmaci ad attività antinfiammatoria (corticosteroidi, sulfasalazina, mesalazina), di immunosoppressivi (azatioprina, 6-mercaptopurina, metotrexato, ciclosporina), di antibiotici (metronidazolo, chinolonici, rifaximina) e in casi selezionati di farmaci biologici, cioè anticorpi monoclonali diretti contro citochine infiammatorie (TNF-alfa, interferone-gamma, IL-12) o molecole di adesione.
Ultimamente si sta studiando la possibilità di inserire come terapia probiotici e prebiotici, assieme ai già citati antibiotici, per modulare la flora batterica intestinale. Il microbiota dei soggetti con IBD è differente da quello dei soggetti sani.