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Altri parassiti, ma unicellulari possono essere rilevanti in caso di IBS, come per esempio i Blastocisti, esseri di incerta classificazione, e rispetto ai quali si possono leggere articoli scientifici contrastanti; alcuni lavori riportano la stessa frequenza di Blastocisti nelle persone sane e nei malati di IBS, mentre altri (presumibilmente più accurati) riportano una prevalenza del 50% di infezione da Blastocisti nei malati e valori molto minori nei soggetti sani.